En 1986, Alain Carignon, alors maire de Grenoble et président du Conseil général de l'Isère, admet le principe du transfert et du développement du musée, plaidé notamment par Jean Paquet, professeur agrégé d'Histoire, alors président du Comité du musée, depuis 1981. En 1988, l'immeuble du 14 rue Hébert, propriété de la ville de Grenoble, alors libéré par le déménagement du centre communal d'action sociale (CCAS) est pressenti pour héberger le futur musée départemental.
En 1990, le Conseil général de l'Isère demande à l'architecte Bernard Dutel de proposer un projet de réaménagement de l'immeuble, et confie la mise au point du programme muséographique à Jean-Claude Duclos, conservateur du Musée dauphinois. Un programme est alors mis en oeuvre avec la contribution d’un conseil scientifique, composé pour moitié d'anciens résistants et déportés, représentants de l'Association du Musée et pour l'autre d'historiens. Ce programme, chronologique est basé sur l'histoire et les spécificités iséroises des vécus de la Seconde Guerre mondiale, la répression et notamment la déportation, la Résistance et l'actualité de ses valeurs.
Avec la création du Musée départemental en 1994, le Comité du Musée de la Résistance dauphinoise devient l'Association des membres fondateurs et des amis du Musée départemental de la Résistance et de la Déportation. C'est toujours son nom en 1999, lorsque Pierre Giolitto en est élu président. Peu après, elle est rebaptisée : Association des amis du Musée de la Résistance et de la Déportation de l'Isère et présidée, depuis 2002, par Pascal Estadès, petit-fils de Gustave Estadès.
"Musée de France", le Musée de la Résistance et de la Déportation de l'Isère met à profit les moyens les plus contemporains de l'expographie au service de l'histoire de la Seconde Guerre mondiale et de ses particularités iséroises. Il dispose d'un centre de documentation ouvert sur rendez-vous, d'un espace pédagogique ainsi que d'une salle où se succèdent une, deux, parfois trois expositions temporaires par an.
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