Le programme du musée s'établit à partir des spécificités locales de l'histoire de la Deuxième Guerre mondiale, en Isère. La présentation chronologique des faits, rythmée par des développements thématiques, donne au visiteur les points de repère indispensables à la compréhension de cette histoire et de la place qu’y prend celle de la Résistance.

Afin de rester en phase avec les attentes du public et avec les progrès de la connaissance historique, les présentations de longue durée sont réactualisées. Ainsi, après les actualisations de certains espaces opérées en 2001 (la situation des Juifs, les maquis, l'épuration), la salle de la déportation devrait être réaménagée courant 2007.

 La muséographie fait une large place au témoignage, au texte d'archives, de presse, à l'image (photo, affiche, vidéo), et, combinant ces différentes composantes, à la scénographie. L'objet évoquant la vie quotidienne ou la lutte contre l'occupant, la reconstitution de lieux ou d'ambiances ponctuent la visite où l'émotion et la réflexion du visiteur sont sollicitées tour à tour.

Le parcours muséographique s'articule autour de huit parties.

La montée des périls

Le cadre historique

L’entrée en Résistance

Le tournant

Les années noires. L’occupation allemande

La déportation

Vers la Libération

Mémoire et actualité de l’action de Résistance